Op het terrein van diergerelateerde criminaliteit en dierenwelzijn hebben we veel expertise opgebouwd. Zo hebben we de opkomst en ontwikkeling van de dierenpolitie onderzoeksmatig gevolgd alsook de samenwerking tussen de politie en andere partners in de strijd tegen dierenmishandeling en –verwaarlozing. Daarnaast voeren wij onder andere onderzoek uit naar het profiel van daders van dierenmishandeling, naar hoog risico honden, naar illegale puppyhandel en de problemen die daaruit voortvloeien, naar beschermde dier- en plantensoorten (CITES) en naar de straffen die worden opgelegd voor bedreiging van het dierenwelzijn, waaronder het houdverbod.
Tenslotte is Bureau Beke samen met het NFI en de faculteit Diergeneeskunde van de Universiteit Utrecht betrokken bij het Landelijk Expertisecentrum Dierenmishandeling (LED) dat streeft naar een betere signalering en bestrijding van dierenmishandeling.